בירושלים קיימים מספר בתי חולים גדולים - הדסה ושערי צדק - שהגדרתם לא ברורה. הם ציבוריים אבל יש בהם גם פעילות פרטית וזוהי התרחשות ייחודית לעיר ירושלים. מנגד אין בירושלים בתי חולים פרטיים.
במזרח ירושלים פועלים בתי חולים כגון מוקסד, אוגוסטה ויקטוריה, סנט ג'וסף, סנט ג'ון ואחרים המספקים שירות לתושבים מבוטחי הקופות, והם חלק ממערכת הבריאות הישראלית, על כל המשתמע מכך. הלימודים בחוג יבחנו גם את מגוון בתי החולים במזרח ירושלים במערכת הבריאות הישראלית.
האוכלוסייה בירושלים והסביבה היא אוכלוסייה צעירה יחסית והתחרות עליה בין הקופות היא רבה. לכל קופה יש את דרכי השיווק הייחודיות לה המופעלות בירושלים לגיוס לקוחות אלו ולשימורם - בירושלים אוכלוסייה מגוונת ביותר וכוללת אוכלוסייה כללית, חרדית, חרד"לניקית, ערבית ואוכלוסיית ההתיישבות ביהודה בנימין ושומרון. לכל אחת מקבוצות אלה מאפיינים וצרכים ייחודיים. במהלך הלימודים בחוג יבחנו הסטודנטים את האתגרים באספקת שירותי בריאות למגוון האוכלוסיות הללו, כיצד מספקים שירות רפואי במרפאות ובישובים קטנים ללא תשתיות מספקות, ללא שירותי בתי מרקחת מסודרים ועם בעיות בטחוניות ועוד.
מזרח ירושלים, שתושביה זכאים על פי החוק להטבות חוק ביטוח בריאות ממלכתי, היא המקום היחידי בארץ שמאושר על ידי משרד הבריאות להפעלת מרפאות בשיטה הזכיינית. הפעלת שירות במזרח ירושלים היא משימה מיוחדת, מורכבת וקשה מאוד עקב מבנה האוכלוסייה, שפה, בעיות בטחון ומחסור באנשי רפואה ומינהל תושבי המקום. שיטת ההפעלה עם זכיינים ושיטות תגמול ייחודיות מחייבות ידע והבנה בתחום.
במהלך הלימודים בחוג לניהול מערכות בריאות תינתן תשומת לב לייחודיות של מערכת הבריאות של ירושלים והסביבה. כמו כן נכלל בתכנית קורס חובה ייחודי המוקדש כל כולו לייחודיות ולמורכבות מערכת הבריאות בירושלים וסביבותיה.
במהלך כל שנת הלימודים השלישית יבצע כל סטודנט פרויקט גמר הנושא אופי יישומי, שמטרתו היא לחבר את הסטודנט למציאות בעבודת השטח. בפרויקט הגמר יבצעו הסטודנטים עבודה במסגרת רפואית בעיר ירושלים והסביבה. הסטודנט יצוות ליחידה פעילה במערכת הבריאות ויתצפת באופן יסודי אחר סדרי עבודתה. עליו להיחשף לכל מגוון פעילויות היחידה ולעמוד על הקשר בין מטרתה לביצוע בפועל.
במסגרת התצפית הסטודנט אמור לחוות את הקשיים הרב גוניים בפעילות מעשית אל מול התיאוריה שנלמדה, בדגש על המורכבות של מערכת הבריאות בכלל ושל ירושלים בפרט. לאחר התצפית על הסטודנטים לעמוד על הבעיות והסוגיות המשמעותיות הדורשות התייחסות ולהציע חוות דעתם לעניין.